Atlas III blev kvalitetssikret på flere niveauer:

1. indtastninger i DOFbasen blev automatisk valideret

2. kvadratansvarlige kontrollerede løbende indtastninger i deres kvadrat

3. lokale validatorer kontrollerede løbende indtastninger fra deres lokalafdelingsområde

Desuden var artseksperter, Fuglenes Hus og DOF’s udvalg til Kvalitetssikring af Ynglefugledata (DKY) også involveret i kvalitetssikringen af data.