Atlas III kvalitetssikres på flere niveauer:

1. indtastninger i DOFbasen vil automatisk blive valideret

2. kvadratansvarlige vil løbende kigge på indtastninger i deres kvadrat

3. lokale validatorer vil løbende tjekke indtastninger fra deres lokalafdelingsområde

Desuden vil artseksperter, Fuglenes Hus og DOF's kvalitetsudvalg for ynglefugle også være involveret i kvalitetssikringen af data.